본 발명은 아미노산을 유효성분으로 함유하는 대사체 정량분석용 기질(Matrix) 조성물 및 이를 이용한 대사체 정량분석 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 안정한 동위원소로 표지된 페닐알라닌을 기질로 사용하여 시간비행형 이차이온질량분석법(ToF-SIMS)을 수행하여 아미노산 대사체의 정량분석을 수행한 결과, 상기 페닐알라닌 기질은 분석용 기판 위에 균일한 층을 형성하였으며, 시료 건조 후에도 낮은 농도의 아미노산 대사체의 정밀한 정량분석이 가능한 것을 확인함에 따라, 상기 안정한 동위원소로 표지된 페닐알라닌을 유효성분으로 함유하는 조성물은 질량분석법을 이용한 대사체 정량분석용 기질 조성물로 제공될 수 있다.