본 발명은 잡음에 강인한 공중 음파 통신 시스템 및 그 방법에 대한 것이다. 본 발명에 따른 잡음에 강인한 공중 음파 통신 시스템은 전송하고자 하는 유효 정보에 매핑 지시자를 포함시켜 생성된 한 프레임 주기의 전송 정보에 주파수를 각각 매핑하고 해당 주파수의 음파 신호를 생성하여 출력하는 송신기; 상기 출력된 음파 신호를 수신하여 디지털 신호로 변환하고, 변환된 음파 신호의 주파수 및 위상정보로부터 상기 음파 신호를 복조하여 복조된 상기 전송 정보에 포함된 매핑 지시자를 획득하고, 상기 획득된 매핑 지시자에 대응하는 상기 유효 정보를 추출하는 수신기; 및 상기 송신기로부터 유효 정보와 변조 후의 음파 신호간의 매핑 관계를 매핑 지시자 별로 수신하여 데이터베이스에 각각 저장하는 서버를 포함한다.이와 같이 본 발명에 따르면, 환경 잡음과 같은 지속적인 잡음이 존재할 때 송신단에서 동일한 전송 정보에 대하여 서로 다른 음파 신호로 매핑 및 변환하여 전송함으로써 잡음에 효과적으로 대처할 수 있다.