개별 세포 식별 장치 및 제어 방법이 개시된다. 개별 세포 식별 장치의 제어 방법은 복수의 세포를 포함하는 이미지를 입력받는 단계, 복수의 세포와 배경을 구별하는 입력받은 이미지의 각 픽셀에 대한 바이너리 맵을 생성하는 단계, 각각의 세포의 중심 영역과 경계 영역 사이에 거리에 따라 기 설정된 값을 설정한 지형구조 맵을 생성하는 단계, 각각의 세포의 중심 영역에서 최대값을 가지는 뼈대 영역을 추출한 후 마커를 설정한 마커 맵을 생성하는 단계 및 생성된 바이너리 맵, 지형구조 맵 및 마커 맵에 기초하여 각각의 세포 영역을 식별하는 단계를 포함한다.