본 발명에 따른 자율주행 제어 차량의 브레이크페달 작동장치는 브레이크페달에 일측단이 연결되고, 선택적으로 발생하는 장력으로 상기 브레이크페달을 당기는 와이어와, 상기 와이어의 타측단이 연결되고, 선택적으로 인입되는 제어신호에 따라 와이어를 당겨 장력을 발생하는 와이어구동모듈 및 상기 와이어구동모듈과 전기적으로 연결되고, 자율주행제어부에서 출력된 복귀신호에 따라 상기 와이어구동모듈로 제어신호를 출력하는 페달복귀제어부를 포함하여, 자율 주행모드 운영중 자율주행제어부에서 비상상황 판단시 브레이크페달의 위치를 자동으로 해당 원위치로 복귀시켜, 운전자의 신속한 브레이크페달조작이 가능하도록 한 자율주행 제어 차량의 브레이크페달 작동장치를 제공한다.