본 발명의 일 실시예는, 제1 이미지 및 제2 이미지를 포함하는 복수개의 핵 인스턴스 이미지를 획득하는 단계, 상기 제1 이미지에 대하여 핵의 확률맵을 기초로 마커(marker)를 표시하고, 상기 제2 이미지에 대하여 핵의 확률맵을 기초로 마커를 표시하는 단계, 마커가 표시된 상기 제1 이미지 및 상기 제2 이미지를 컨벌루션(Convolution) 기반의 신경망에 입력하여 상기 제1 이미지에 포함된 핵 인스턴스의 영역 및 상기 제2 이미지에 포함된 핵 인스턴스 영역을 추정하는 단계, 상기 제1 이미지에 포함된 핵 인스턴스의 영역 및 상기 제2 이미지에 포함된 핵 인스턴스 영역에 대한 상기 신경망의 출력 데이터를 이용하여 제1 이미지에 포함된 핵 인스턴스와 제2 이미지에 포함된 핵 인스턴스간 동일성 여부를 판단하는 단계를 포함할 수 있다.
