본 발명은 샘플의 구조를 파악하는 구조 파악단계와, 구조 파악단계에서 파악된 샘플의 구조를 이용하여 구성물질의 설계 파라미터를 추출하는 제1 파라미터 획득단계와, 파악된 설계 파라미터를 이용하여 3차원 전극 구조체를 모델링하는 제1 모델링 단계와, 구조 파악단계에서 파악된 샘플의 구조를 이용하여 구성물질의 불균일성과 비대칭성 중 어느 하나 이상의 파라미터를 추출하는 제2 파라미터 획득단계와, 제1 모델링 단계에서 모델링된 3차원 전극 구조체에 제2 파라미터 획득단계에서 추출된 구성물질의 불균일성과 비대칭성을 반영하여 보정하는 제2 모델링 단계를 포함하여 이루어져, 3차원 전극 구조체 모델링을 보다 빠르게 가능할 뿐만 아니라, 실물과 모델링된 3차원 전극 구조체의 정합도를 높일 수 있는 모델링 방법에 관한 것이다.