본 발명은 포톤카운팅 CT에서의 나노입자 조영제 영역 검출 장치 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 나노입자 조영제 영역 검출 장치는 복수의 보정용 팬텀에 조사된 광선의 측정값을 이용하여 학습 데이터를 생성하고, 생성된 학습 데이터를 광선의 조영제 영역 통과 유무에 따라 제1 그룹과 제2 그룹으로 분류한 다음, 제1 그룹에 대한 제1 확률값과 제2 그룹에 대한 확률값을 산출하는 전처리부, 나노입자 조영제 영역을 검출하고자 하는 원본 사이노그램을 입력받는 영상 입력부, 획득한 원본 사이노그램에 포함된 복수의 픽셀을 K-최근접 이웃(K-NN,K-Nearest Neighbor)알고리즘에 입력하여 해당되는 픽셀에 대한 제1 사후 확률값 및 제2 사후 확률값을 추정하는 확률 추정부, 제1 사후 확률값을 이용하여 제1 사이노그램을 생성하고, 제2 사후 확률값을 이용하여 제2 사이노그램을 생성한 다음, 상기 생성된 제1 사이노그램 및 제2 사이노그램을 역투영(Back projection)하여 역투영 이미지로 변환시키는 이미지 변환부, 그리고 제1 사이노그램을 변환시켜 생성된 제1 역투영 이미지와 상기 제2 사이노그램을 변환시켜 생성된 제2 역투영 이미지를 상호 비교하여 나노입자 조영제 영역을 검출하는 제어부를 포함한다.