본 발명은 엑소좀 바이오마커를 이용한 화합물 독성평가 방법에 관한 것으로, 본 발명의 엑소좀 바이오마커를 이용한 화합물 독성평가 방법은 세포 조성물 전체를 대상으로 할 필요없이 세포의 상태를 직접적으로 나타내는 조성물을 함유한 엑소좀에 포함된 바이오마커의 발현량을 분석하는 것이므로, 세포조성물 전체를 분석하는 경우보다 정확성과 효율성을 높일 수 있는 장점이 있으며, 기존의 전체 세포 조성물을 대상으로 하는 경우보다 대상 조성물 범위의 축소, 특정 세포 상태를 나타내는 바이오마커 후보군의 집적화, 독성병리학적 접근용이, 혈액 시료의 경우 문제가 되었던 알부민 제거 효과 및 동물시험을 배제하고 채혈을 통한 비침습적 독성연구 가능 등과 같은 효과가 있다.