본 발명의 일면에 따른 페어링 기반의 모바일 기기 관리 방법은, MDM(Mobile Device Management) 관리자의 식별을 위한 ID(Identity)인 MID와, 관리대상인 MDM 클라이언트의 식별을 위한 ID인 CID 및 제어시간을 포함하는 메시지 M1을 MDM 서버로 전달하는 단계; 상기 M1 및 상기 MID에 해쉬함수를 적용하여 상기 MDM 관리자의 공개키 MIDpub를 생성하고, 상기 생성된 공개키 MIDpub에 상기 MDM 서버의 마스터키를 적용하여 생성한 복호키 DMID를 상기 MDM 서버로부터 전달받는 단계; 상기 M1과 상기 MID를 상기 MDM 클라이언트로 전달하는 단계; 상기 M1 및 상기 MID에 해쉬함수를 적용하여 생성한 상기 MDM 관리자의 공개키 MIDpub를 이용하여, 상기 M1에 포함된 CID, 상기 MID, 인증키 및 토큰(token)을 포함하는 메시지 M을 암호화한 암호화 메시지 C1을 상기 MDM 클라이언트로부터 전달받는 단계; 및 상기 암호화 메시지 C1을 상기 복호키 DMID를 이용하여 복호화하여 상기 인증키와 상기 토큰을 획득하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 한다.