본 발명은 슈퍼컴퓨터 환경에서 고성능 병렬 컴퓨팅을 수행하는 자동화된 병렬 컴퓨팅 시스템 및 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 슈퍼컴퓨터 환경에서의 병렬 컴퓨팅 시스템은 네트워크 폴더에 설치되어 계산 노드의 환경 위에 병렬처리 가상 환경에 대한 활성화 또는 비활성화를 수행하는 병렬처리 통합 환경 및 관리 노드에 설치되어 병렬처리 메인 소프트웨어를 실행시키고, 계산 노드에 병렬 처리 가상 환경을 활성화시켜 계산 노드를 이용하여 병렬 처리를 수행하는 병렬처리 메인 프로세서를 포함하는 것을 특징으로 한다.