본 발명은 코일 시스템을 이용한 마이크로 로봇의 제어 방법 및 그 장치에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 헬름홀츠 코일과 맥스웰 코일의 자기장을 이용하여 마이크로 로봇을 구동시키는 코일 시스템을 이용한 마이크로 로봇의 제어 방법에 있어서, 상기 마이크로 로봇의 구동 제어를 위하여 미리 설계된 전류 값을 상기 코일 시스템의 각 코일에 공급하는 단계와, 카메라를 이용하여 상기 마이크로 로봇의 위치 정보를 감시하는 단계와, 상기 설계된 전류 값에 대응하는 설정 위치 정보와 상기 추적된 위치 정보 간의 차이인 오차신호를 기 설정된 임계치와 비교하는 단계와, 상기 오차신호가 상기 임계치 이상이면 PID 제어를 통해 상기 오차신호로부터 제어신호를 연산하는 단계, 및 상기 제어신호를 바탕으로 상기 코일 시스템의 각 코일에 공급되는 전류 값을 보정하는 단계를 포함하는 마이크로 로봇의 제어 방법을 제공한다. 상기 코일 시스템을 이용한 마이크로 로봇의 제어 방법 및 그 장치에 따르면, 비젼 장치로부터 획득한 마이크로 로봇의 위치 정보와 기준이 되는 설정 위치 정보로부터 상호 간의 오차 값을 획득하고 이 오차를 보상할 수 있는 제어신호를 PID 제어를 이용하여 생성함에 따라, 빠르고 정확하게 마이크로 로봇을 제어할 수 있는 이점이 있다.