본 발명은 전자펜 동작 시스템 및 그 방법에 관한 것으로, 구체적으로 광원 제어 기능이 구비된 터치 스크린용 전자펜 동작 시스템 및 그 방법 에 관한 것이다. 본 발명의 일면에 따른 터치 스크린용 전자펜 동작 시스템은, 터치 스크린용 전자펜 동작 시스템의 전자펜에 구비된 광원의 점등시와 소등시에 기설정된 주기에 따라 상기 전자펜이 위치한 스크린의 영상을 획득하는 이미지 센서; 상기 이미지 센서의 이미지 획득 주기에 연동 되도록 상기 광원의 점멸을 제어하는 제어부; 상기 이미지 센서로부터 전달받은, 상기 전자펜의 광원이 점등되었을 때 획득한 제1 영상과 상기 전자펜의 광원이 소등되었을 때 획득한 제2 영상을 비교하는 이미지 비교부; 및 상기 제1 영상과 상기 제2 영상을 비교한 데이터를 기초로, 상기 제1 영상으로부터 상기 전자펜의 주변환경 광원을 제거하여 상기 스크린 상의 상기 전자펜의 위치를 파악하는 위치 판단부를 포함한다.