본 발명은, 하이브리드 전원 공급 시스템에 있어서, 이차 전지, 연료 전지, 및 제어부를 포함하고, 상기 제어부는, 상기 이차 전지의 제어 변수와 상기 연료 전지의 제어 변수를 옴의 법칙을 만족하는 통합 제어 변수로 변환하고, 시스템을 제어하기 위한 지령값을 상기 통합 제어 변수로 입력받아, 상기 통합 제어 변수 중 상기 연료 전지의 저항값에 해당하는 제어 변수를 산출하여 시스템을 제어하는 것을 특징으로 한다.본 발명에 따르면, 연료 전지와 이차 전지가 포함된 하이브리드 회로에서 제어부가 연료 전지의 제어 변수 3개(전류, 전압, 저항)와 이차 전지의 제어 변수 3개(전류, 전압, 저항)인 총 6개의 제어 변수를 3개의 통합 제어 변수로 변환한다. 특히, 이 경우 3개의 통합된 제어 변수는 이차 전지와 연료 전지 제어 변수의 비로 정의되며, 옴의 법칙을 만족하여 회로 설계나 해석을 극히 용이하게 한다.