본 발명은 머신러닝 기법을 이용한 치료제 추천 시스템 및 그 방법에 관한 것이다.본 발명에 따르면, 머신러닝 기법을 이용한 치료제 추천 시스템을 이용한 암 치료제 추천 방법에 있어서, 암 환자의 특성 정보와 암 치료제 처방 데이터를 이용하여 완치환자 데이터베이스 및 사망환자 데이터 베이스를 각각 구축하는 단계, 상기 완치 환자 데이터베이스에 포함된 특성 정보와 처방 데이터를 멀티 레벨 기계 학습(Multi-Level Machine Learning)에 적용하여 제1 신경망 모델을 생성하는 단계, 상기 사망 환자 데이터베이스에 포함된 특성 정보와 처방 데이터를 멀티 레벨 기계 학습에 적용하여 제2 신경망 모델을 생성하는 단계, 암 치료제를 추천 받기 위한 피검자의 특성정보를 입력 받는 단계, 상기 피검자의 특성 정보를 상기 제1 신경망 모델에 적용하여 하나 이상의 제1 암 치료제를 추출하는 단계, 상기 피검자의 특성 정보를 상기 제2 신경망 모델에 적용하여 하나 이상의 제2 암 치료제를 추출하는 단계, 그리고 상기 제1 치료제 중에 상기 제2 치료제가 중복되어 포함된 경우, 상기 제1 치료제에서 상기 제2 치료제를 제거하여 최종 추천 암 치료제를 상기 피검자에게 제공하는 단계를 포함한다.