본 발명은 치아교합 시뮬레이션 방법 및 시스템에 관한 것으로서, 상악 및 하악의 치아와 잇몸의 3차원 모델을 입력 받는 입력단계 상기 3차원 모델에서 치아사이 틈(Embrasure), 교두(Cusp) 또는 와(Fossa)를 특징점으로 검출하는 특징점 검출단계 상기 상악에서의 특징점을 상기 하악에서의 특징점에 대응시켜 특징점 쌍을 결정하고, 상기 특징점 쌍간의 거리가 최소가 되도록 하여 상기 상악 및 하악을 초기 정렬하는 상하악 초기 정렬단계; 상기 상악 및 하악의 관계를 나타내는 중심선, 수직피개 및 수평피개가 정상범위에 해당하고, 상기 상악 및 하악의 접촉면적이 최대가 되도록 상기 상악의 위치를 조절하여 최적교합을 획득하는 최적교합 획득단계를 포함한다. 또한, 본 발명에 따르면 치아관련 수술에 있어서, 환자에게 맞는 효과적인 최적교합을 제공할 수 있다.