본 발명은, 초음파 혈류량 측정 장치를 이용한 초음파 혈류량 측정 방법으로, 혈액이 공급되는 튜브의 외측에 마주보게 설치된 제1 및 제2 초음파 변환자로부터 시간에 따른 상류 신호 및 하류 신호를 각각 수신하는 단계, 상류 및 하류 신호 각각에 대해, 신호 크기가 영점과 교차하는 시점 마다 해당 시점에 대응된 시간 인덱스인 영점 교차 인덱스를 각각 획득하는 단계와, 복수의 영점 교차 인덱스 별로 i번째와 i+1번째 영점 교차 인덱스 사이에 존재한 신호들의 평균 진폭을 각각 연산하는 단계, 평균 진폭이 높은 순으로 복수의 영점 교차 인덱스를 정렬하고, 정렬된 상위 M개(M은 송신 펄스 주기 수에 비례)의 영점 교차 인덱스 중 가장 낮은 최소 영점 교차 인덱스를 탐색하는 단계, 소 영점 교차 인덱스를 시작점으로 다음의 M개의 영점 교차 인덱스를 포함한 총 M+1개의 유효 인덱스를 획득하는 단계, 및 상류 신호 및 하류 신호 각각에 대해 획득된 M+1개의 유효 인덱스 간의 시간차의 평균을 이용하여 혈류 속도를 예측하는 단계를 포함한다. 본 발명에 따르면, 계산 비용이 낮은 영점 교차 방식 기반의 통과 시간 측정 알고리즘을 응용한 새로운 알고리즘을 기반으로 온도 및 노이즈에 안정적이면서 순환 기계 장치의 지속적인 혈류 변화 관측이 가능하다.