생성 모델을 이용한 유전자 발현 데이터 분석 방법은 분석장치가 시점 또는 표현형이 서로 다른 유전자 발현 데이터 생성을 위한 제1 잠재 벡터 및 제2 잠재 벡터를 선택하는 단계, 상기 분석장치가 상기 제1 잠재 벡터와 상기 제2 잠재 벡터 사이의 중간 과정에 대한 다수의 잠재 벡터들을 생성하는 단계, 상기 분석장치가 상기 다수의 잠재 벡터들을 각각 사전에 학습된 생성 모델에 입력하여 상기 중간 과정에 나타날 것으로 예측되는 다수의 유전자 발현 데이터를 생성하는 단계 및 상기 분석장치가 상기 다수의 유전자 발현 데이터를 이용하여 유전자 분석을 수행하는 단계를 포함한다.