본 개시는 해쉬 체인 기반의 데이터 동기화 시스템 및 그의 동작 방법에 관한 것이다. 본 개시의 일 실시 예에 따른 해쉬 체인 기반의 데이터 동기화 시스템은, 제1 전자장치가 해쉬체인 시드값을 이용하여 생성한 데이터 인증을 위한 해쉬값 및 위임키 전달을 위한 해쉬값을 포함하는 제1 메시지를 전자서명하고 자신의 비밀키로 암호화하여 복수의 제2 전자장치로 전송하며, 복수의 제2 전자장치는 검증을 통하여 제1 메시지를 저장하는 인증 및 위임키 설정부와, 제1 전자장치가 학습 자료 데이터가 포함된 제2 메시지를 자신의 비밀키로 전자서명 하여 복수의 제2 전자장치로 전송하고, 복수의 제2 전자장치가 검증을 통하여 제2 메시지를 저장하는 데이터 분배부와, 복수의 제2 전자장치로 전송한 학습 자료 데이터의 동기화를 위해, 제1 전자장치가 동기화의 시점에서 생성한 데이터 인증을 위한 해쉬값을 실시간 데이터 인증변수에 저장하고, 학습 자료 데이터의 통제 및 관리를 위한 하나의 명령이 저장된 액션변수와 인증변수를 포함하는 제3 메시지를 생성하여 복수의 제2 전자장치로 전송하며, 복수의 제2 전자장치가 제3 메시지의 검증을 통하여 제3 메시지를 저장하고, 제3 메시지의 액션변수에 저장된 명령을 수행하여 현재 상태를 동기화시키는 제1 데이터 동기화부를 포함할 수 있다.