본 발명의 실시 예에 따른 하이브리드 내비게이션 시스템의 위치 추적 방법은, 자기장 기반 위치 추적 장치 및 광학식 기반 위치 추적 장치를 이용하여 자기장 기반 위치 추적 장치와 광학식 기반 위치 추적 장치의 상대적인 위치를 산출하여 위치 보정을 수행하는, 위치 보정 단계; 시술 시 실제 추적하는 카테터에 구비된 자기장 센서의 위치 정보를 위치 보정 단계를 통해 획득된 보정 결과를 이용하여 광학식 기반 위치 추적 장치 기반의 좌표로 변환하는, 좌표 변환 단계;를 포함할 수 있다. 본 발명의 실시 예에 따르면, 위치 보정을 통해 광학식 기반 위치 추적 장치 및 자기장 기반 위치 추적 장치의 상대적인 위치 관계를 설정한 후, 광학식 기반 위치 추적 장치를 기반으로 한 좌표를 정합하여 환자 및 영상 간 정합 결과를 도출한 다음, 자기장 센서의 위치 정보를 보정을 통해 광학식 기반의 좌표로 변환한 후 이를 디스플레이부에 3차원의 영상으로 실시간으로 정확하게 디스플레이할 수 있으며, 따라서 시술과 같은 동작이 정확하게 이루어질 수 있다.