본 발명은 전계 효과 트랜지스터형 바이오센서 및 그 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 반도체 기판의 형상을 구조적으로 변경하여 소자의 구동 전류 및 바이오 감지 타겟 물질과의 물리적 접촉 면적을 증가시키고 전기적 성능을 향상시킨 전계 효과 트랜지스터형 바이오센서 및 그 제조방법에 관한 것이다. 본 발명은 반도체 기판 위에 적층된 게이트 절연막; 상기 게이트 절연막 위에 형성된 게이트 전극; 상기 게이트 절연막과 접촉하며 양측에 형성된 소스 및 드레인 영역; 및 상기 게이트 전극 위에 형성된 바이오 감지막을 포함하는 전계 효과 트랜지스터형 바이오센서에 있어서, 상기 반도체 기판은 선정된(predetermined) 하나 이상의 요철부가 형성된 것을 특징으로 하는 전계 효과 트랜지스터형 바이오센서를 제공한다. 본 발명에 의하면, 전계 효과 트랜지스터형 바이오센서의 반도체 기판 형상의 구조적 개선하여 전기적 성능의 향상을 통해 높은 S/N비(신호 대 잡음비)를 구현하여 재현성 및 그 정확도를 높일 수 있다.