본 발명은 뇌 조직에서 신경전달물질의 동시 정량 분석하는 방법에 관한 것이다. 도파민, 세로토닌, 가바 3종 이상의 신경전달물질을 포함하는 뇌조직을 준비하여 전처리를 함으로써, 기존의 solid-phase extraction 방법 및 유도체화 방법, 농축하는 과정없이 전처리가 간단하며, 추가적인 용매의 혼합이 없어 하나의 용매만으로 전처리가 가능하다. 본 발명의 방법은 내부표준물질로서 isotope labeled standard을 첨가함으로써 UPLC-MS의 분석단계에서 유발되는 변동성에 의한 측정오차에 영향을 받지 않고 신경전달물질을 정확하게 정량할 수 있어, 분석방법의 신뢰도를 향상시킨다. 고정상으로서 비극성 컬럼과 극성 컬럼의 중복사용 없이, 비극성 컬럼 하나로 신경전달물질 도파민, 세로토닌, 가바 3종을 각각 분리하고 정량할 수 있으며, 비극성 컬럼에 극성물질을 주입함으로써 신경전달물질 3종을 빠르게 용출하여 분석시간을 3분 이내로 단축시킬 수 있다. 또한, 본 발명은 도파민, 세로토닌, 가바에 대한 이동상 조성이 모두 같으며, 등용매용리 조건으로 1 ㎕의 injection volume 만으로도 충분히 정량 분석이 가능하므로, 소량의 다수 시료에 대해서도 동시에 정량 분석이 가능하다.