본 발명은 이송용 로봇을 이용하여 마이크로 로봇에 대한 제어를 수행하는 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 일면에 따른 이송용 로봇을 이용한 마이크로 로봇 제어 시스템은 출력 자기장에 따라 구동 영역 내에서의 미세구조체 또는 마이크로 로봇의 이동을 제어하는 자기장 제어부와, 자기장 제어부와 연결되어, 구동 영역을 공간 상에서 이송시키는 이송 로봇 및 미세구조체 또는 마이크로 로봇의 위치 정보와 이송 로봇의 위치 정보를 수신하고, 이에 기반하여 제어 신호를 전송하는 제어부를 포함하는 것을 특징으로 한다.