본 발명의 실시예에 따른 2차원 구조체를 분석하는 비선형 합주파수 생성 및 4파 혼합 듀얼 모드를 이용한 현미경은, 제1 펄스파 및 제2 펄스파를 발생시켜 상기 제1 펄스파는 제1 경로로 이동시키고 상기 제2 펄스파는 제2 경로로 이동시키는 펨토초 기반의 광원; 상기 제 1 펄스파 및 상기 제2 펄스파를 겹치게 함으로써 중첩광을 발생시켜 상기 중첩광이 상기 제1 경로 및 상기 제2 경로가 합쳐지는 제3 경로를 거쳐 상기 2차원 구조체에 도달하도록 하는 이색 거울; 상기 중첩광이 상기 2차원 구조체에 도달하여 발생되는 합주파수 생성(Sum-Frequency Generation)파를 필터링한 후 상기 합주파수 생성파가 필터링된 신호를 전기적인 신호로 전환하여 이미지를 만들도록 하는 제1 광증폭 튜브를 갖는 제1 이미지 획득부; 및 상기 2차원 구조체를 사이에 두고 반대측에 배치되며, 상기 2차원 구조체를 통해 제공되는 광을 증폭시켜 4파 혼합(FWM, four wave mixing) 이미지를 얻도록 하는 제2 광증폭 튜브를 갖는 제2 이미지 획득부;를 포함할 수 있다.