본 발명은 다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 한꺼번에 빠르게 설계할 수 있도록 한 방법에 관한 것으로서, 상기 방법은, 대규모 DNA 서열 데이터베이스에 대한 하둡 기반의 오프라인 연산을 통해 가능한 모든 유전자 쌍에 대해 특이성 조건을 만족하는 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 추출하는 제 1 단계; 상기 제 1단계에서 추출한 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 이용하여 특이성 검사를 할 수 있는 색인 구조를 메인 메모리 상에서 구성하는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 구성된 색인 구조를 이용하여 사용자에 의해 주어진 다수의 목표 유전자들의 각각을 검출할 수 있는 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 유효한 프라이머 집합과 프루브 집합을 온라인 연산을 통해 빠르게 검색한 후, 각 표적 유전자를 위한 최적의 프라이머 쌍과 프루브만을 선별하여 웹 페이지로 출력하는 제3 단계를 포함한다.
