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다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 동시에 디자인하는 방법

Title
다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 동시에 디자인하는 방법
Translated Title
Method for rapid design of valid high-quality primers and probes for multiple target genes in qPCR experiments
Inventors
김민수안규현강나나구재형김혜린
DGIST Inventors
김민수; 안규현; 강나나; 구재형; 김혜린
Country
KO
Application Date
2016-06-28
Application No.
10-2016-0080872
Registration Date
2018-08-09
Registration No.
10-1889146
Assignee
(재)대구경북과학기술원(100/100)
URI
http://hdl.handle.net/20.500.11750/11365
https://doi.org/10.8080/1020160080872 [KIPRIS]
Abstract
본 발명은 다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 한꺼번에 빠르게 설계할 수 있도록 한 방법에 관한 것으로서, 상기 방법은, 대규모 DNA 서열 데이터베이스에 대한 하둡 기반의 오프라인 연산을 통해 가능한 모든 유전자 쌍에 대해 특이성 조건을 만족하는 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 추출하는 제 1 단계; 상기 제 1단계에서 추출한 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 이용하여 특이성 검사를 할 수 있는 색인 구조를 메인 메모리 상에서 구성하는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 구성된 색인 구조를 이용하여 사용자에 의해 주어진 다수의 목표 유전자들의 각각을 검출할 수 있는 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 유효한 프라이머 집합과 프루브 집합을 온라인 연산을 통해 빠르게 검색한 후, 각 표적 유전자를 위한 최적의 프라이머 쌍과 프루브만을 선별하여 웹 페이지로 출력하는 제3 단계를 포함한다.
Related Researcher
  • Author Koo, JaeHyung Brain-Immune Axis Laboratory
  • Research Interests 장내미생물/감염균 유래 대사체를 통한 신경염증, 알츠하이머병, 우울증, 당뇨/비만, 대사체/수용체 상호작용에 의한 대사연구
Files:
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Collection:
Department of Electrical Engineering and Computer ScienceInfoLab3. Patents
ETC3. Patents
Department of New BiologyBrain-Immune Axis Laboratory3. Patents


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