과학기술에 대한 경제, 사회적 수요의 증가와 그에 따른 논쟁의 확대로 인해 과학기술정책을 기획하고 집행하는 정부의 역할은 더욱 강조되고 있다. 이 글에서는 지난 2003년 5월에 확정된 ‘참여정부의 과학기술기본계획’의 수립과정과 결정구조에 대한 분석을 시도하고 있다. 이를 위해 먼저 이론적 고찰을 통해 정책결정과정에서 의제설정의 중요성, 과학기술종합계획의 특징과 과학기술정책과의 관계 등을 규명하였다. 이를 토대로 종합계획으로서 ‘기본계획’의 실효성을 검토하였고, 거버넌스(governance) 관점에서 과학기술종합계획 수립시 정책결정 참여집단의 참여수준과 방식을 분석하였다. 결론적으로 과학기술기본계획은 내용측면에서 ‘구체적인 목표결여’와 수립과정에서 ‘정부관료 및 정부와 협력관계 있는 집단과의 결합(임의거버넌스와 집단거버넌스의 혼합)’이라는 특징을 보이고 있다.