본 발명은 차량용 OTA 에이전트 시스템 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 적어도 하나의 타겟 ECU(Electronic control unit)에 대한 OTA(Over the air) 업데이트 요청 신호를 전달하는 서버; 상기 적어도 하나의 타겟 ECU에 대한 OTA 업데이트 요청을 수신하면 업데이트 파일을 분석하여 OTA 업데이트 실행 순서를 결정하는 OTA 중재 모듈; 및 상기 결정된 OTA 업데이트 실행 순서에 따라 적어도 하나의 타겟 ECU의 업데이트를 수행하는 OTA 에이전트 모듈을 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따르면, 이와 같이 본 발명에 따르면, OTA 업데이트를 수행 중 발생하는 이상이나 고장에 대하여 실시간으로 진단할 수 있다. 또한, OEM(Original equipment manufacturer) 또는 ECU(Electronic control unit)별로 상이한 OTA 요구 사항에 대한 추상화 모듈을 기반으로 OTA 설계 수정을 최소화할 수 있다. 뿐만 아니라, 복수의 OTA 업데이트 요청이 전달된 경우 중요도를 판단하여 가장 중요하고 긴급한 타겟 ECU부터 OTA 업데이트를 순차적으로 실시함으로써 오류나 결함에 대해 신속하게 해결하고, 차량의 안전성을 증가시킬 수 있다.