본 발명은 주어진 서열 데이터베이스에 대해 사용자에 의해 주어진 여러 필터링 제약조건들을 만족하고 그 특이성(Specificity)이 검증된 유효한 모든 커버리지(Coverage)의 프라이머쌍들을 디자인하는 방법에 관한 것으로, 주어진 DNA 서열 데이터베이스 상에 존재하는 모든 적합한 프라이머 쌍들을 빠짐없이 구하며, 커버리지(coverage)가 1인 프라이머들 뿐만 아니라 커버리지가 1보다 큰 프라이머들도 모두 구함으로써, 사용자가 결과 프라이머들 중 생물학적 실험의 성공률이 높은 프라이머들을 쉽게 선택할 수 있도록 프라이머 랭킹을 부여할 수 있도록 한 것이다.
